La única esperanza de recarga de acuíferos la constituyen las lluvias y huracanes. Baja California Sur es la entidad que recibe menos precipitaciones en todo el país; y la mayor parte de esta precipitación pluvial se pierde por la gran pendiente de las montañas con relación al mar.
Debido a la intrusión de sales en los mantos acuíferos y a la contaminación del agua en su traslado, una parte de la población prefiere tomar agua embotellada.
Existen 17 plantas municipales de tratamiento de aguas negras y 10 plantas industriales; mismas que tienen una capacidad para tratar 315.2 litros por segundo.
La mayoría de las actividades productivas se encuentran limitadas por la presencia de agua de buena calidad, ha sido necesario implementar estrategias para optimizar este elemento;
por ejemplo, se han instalado plantas desaladoras; se han construido acueductos; los agricultores están cambiando los sistemas de riego tradicional por sistemas de aspersión y riego por goteo o por instalación de invernaderos; en ciertas partes de las serranías se han construido presas, bordos de contención y “ollas de agua”; por su parte, algunos investigadores analizan la posibilidad de producir alimento verde para ganado a partir de agua con altas concentraciones de sales.