Los escurrimientos permanentes de agua dulce se encuentran en San Ignacio y un pequeño río con aguas de manantial en Mulegé, así como en un río subterráneo que desemboca en el Estero de San José del Cabo; otros sitios con manantiales de menor volumen se pierden en la aridez del terreno sin llegar al mar y dan origen a oasis.
En su interior se reproducen algas y lirios; en sus márgenes palma real y datilera, carrizo y frutales como mangos, ciruelos y guayabos.
La fauna, ésta se caracteriza por zancudos, coleópteros, mariposas, grillos, ranas, palomas, cardenales, liebres, zorrillos, gavilanes y águilas. Al interior, pequeñas tortugas y peces de tropicales.
En diversas partes de la sierra encontramos ollas de agua o tinajas, es decir, oquedades en la roca con longitud y profundidad variables, que por lo regular captan el agua de la lluvia o los escurrimientos en los que, paulatinamente, desciende su nivel, muchas veces sin llegar a secarse.
Desde los tiempos de los primeros pobladores fueron importantes porque eran sitios obligados de descanso, tanto en las largas caminatas como en la época de cacería; algunas de ellas han sido señaladas con pinturas rupestres en sus inmediaciones.