A lo largo del tiempo, existieron diferentes sociedades indígenas. Los grupos eran nómadas y se desplazaban durante el año en un territorio definido; de ahí que la demarcación de su espacio pudiera parecer imprecisa; los grupos eran numerosos y se distinguían de otros por variantes en el habla.
En la época misional se estudiaron sus lenguas y costumbres clasificándolos de manera general como Pericúes, Guaycuras y Cochimíes.
Los indígenas nativos se extinguieron por diversas causas: epidemias y enfermedades desconocidas en la región, como la viruela, el sarampión y la sífilis. Además, el régimen de las misiones impuso a los nativos un proceso de aculturación muy marcado, caracterizado por la modificación de su alimentación, la introducción de costumbres diferentes y el rechazo a la poligamia.
Lo anterior provocó la presencia de indios hostiles. En 1734, se inició una rebelión general en la parte sur de la península; en represalia, los españoles emprendieron una campaña militar de pacificación por medio de la cual se diezmó a la población y que culminó con la desintegración social de las rancherías.