En ambos litorales: Golfo de California y Océano Pacífico , se cuenta con una gran cantidad de islas, islotes, arrecifes y barras que suman un área de 1208 kilómetros cuadrados.
En general presentan un aspecto árido, con clima muy seco, semicálido con lluvias en verano, así como una temperatura media anual de 22º C y una precipitación pluvial de 100 mm. La temperatura de sus aguas circundantes es variable; sobre todo por la influencia de las corrientes marinas.
Algunas islas están habitadas de manera permanente y otras de forma temporal. En ellas se realizan actividades productivas relacionadas con la pesca, la minería y el turismo. El hombre ha introducido especies como los gatos domésticos, en Isla San Roque, y cabras, en Isla Cerralvo, animales que actualmente representan un peligro para los ecosistemas nativos.
Existe gran riqueza de organismos vegetales como chollas, pitahayos, mangles, orégano, cardones; y animales terrestres; además de ser sitios de anidación de tortugas marinas y aves; paso obligado de aves migratorias como gansos canadienses y de mamíferos marinos como ballenas, delfines y lobos, entre otros. La abundancia de fitoplancton y zooplancton, en sus inmediaciones,da sustento a una gran variedad de especies locales y migratorias.