El movimiento de independencia inició en 1810. Quizá por el aislamiento en Baja California no se produjeron enfrentamientos ni inquietudes de autonomía. Mientras duró la guerra hubo desabasto y retraso en los sueldos de la tropa.
A principios de 1822, Lord Cochrane, almirante de la escuadra chilena, con el supuesto propósito de liberar del yugo español a otros pueblos del continente; llegó a San José del Cabo pero fue repelido por Fernando de la Toba; de ahí navegó hacia Loreto, donde sus tropas se dedicaron al saqueo.
Hasta junio de 1822 la península estuvo en poder de los españoles; el gobernador de la provincia era José Dario Arguello. Ese año se juró en varias ocasiones la Independencia, pero fue el comisionado del gobierno monárquico de Iturbide: Agustín Fernández de San Vicente quien hizo que se jurara de manera oficial, en Loreto. Depuso al gobernador Argüello y nombró jefe político a Fernando de La Toba. En julio, convocó a elecciones; quedando electos los Ayuntamientos de Loreto, San Antonio y San José del Cabo. También dictó un reglamento provisional de misiones.
A fines de octubre se dio posesión como jefe político a José Manuel Ruíz, mismo que en su mandato otorgó 35 títulos correspondientes a 37 sitios de ganado mayor.