En mayo de 1846 Estados Unidos le declaró la guerra a México. Nuevo México y California fueron conquistados y en agosto se proclamó la consumación de la conquista de Alta y Baja California.
En septiembre el buque de guerra estadounidense US Cyane llegó para apoderarse de La Paz pero el Jefe Político, Francisco Palacios M. se declaró neutral. El Comandante norteamericano Du Pont, simplemente visitó los puertos de Loreto, Mulegé, La Paz y San José del Cabo, sin llegar a combatir.
Para 1847, el Secretario de guerra estadounidense ordenó izar la bandera norteamericana en la región y tomar los puntos clave de la Península.
Ese año, en Santa Anita, muy cerca de San José del Cabo, la diputación territorial se reunió para repeler la invasión y procedió a nombrar un nuevo Jefe Político, por considerar traidor a Fco. Palacios Miranda.
En cuanto los norteamericanos supieron que en San José del Cabo se había organizado la resistencia, a cargo de Mauricio Castro, nuevo Jefe Político; procedieron a tomar las localidades estratégicas.
Organizados en guerrillas, los bajacalifornianos pelearon también en Mulegé, San Antonio, El Triunfo y La Paz, durante seis meses, con lo cual lograron algunas victorias.
En abril de 1848 con la firma de de los tratados de paz se tuvo certeza de que Baja California seguía siendo mexicana. El 1º de septiembre de 1848 se arrió la bandera de E.U.en la región y Mauricio Castro se afirmó como Jefe Político.