Para explicar la presencia del hombre en la península existen, cuando menos, tres probables rutas de migración: La primera alude a la migración terrestre venida del norte. La segunda refiere que los primeros pobladores pudieron entrar desde el macizo continental atravesando el Golfo de California a la altura de las islas Tiburón, San Esteban y San Lorenzo. La tercera señala una ruta transoceánica. Los investigadores, hasta el momento, consideran la primera como la más viable.
El fechamiento más antiguo para la presencia humana en Baja California fue encontrado en una figura de la cueva de San Borjita, ubicada en el municipio de Mulegé, con una temporalidad de 7500 años.
Las crónicas misionales e investigaciones arqueológicas han determinado que los indígenas californios eran delgados, altos, bien constituidos, sanos; cabello negro, lacio y largo así como dientes en buenas condiciones. Solían embadurnarse el cuerpo con lodo o pinturas elaboradas con óxidos volcánicos.
Los indígenas subsistieron en un medio árido y hostil que no permitió su desarrollo más allá del nivel Paleolítico, sobre todo por la ausencia de fuentes alimenticias suficientes en valles y serranías; mientras que en las costas e islas, la principal limitante fue escasez de agua potable.