La explotación de minerales en la península data de la época colonial. Los exploradores europeos arribaron con la idea de encontrar oro en abundancia; pero la realidad se impuso y con grandes esfuerzos lograron la explotación de perlas; en cuanto al aprovechamiento inicial de la sal corrió a cargo de los misioneros jesuitas . En 1748, Manuel de Ocio, fundó el Real de Santa Ana, haciéndose acompañar por vaqueros, soldados jubilados e indígenas mayos y yaquis; que a la postre dieron origen a los pueblos de El Triunfo y San Antonio, dedicados a la extracción de oro y plata.
En nuestros días, el potencial minero de la industria extractiva se apoya primordialmente en la producción de minerales no metálicos como: la fosforita, en San Juan de la Costa, en Santo Domingo y al norte del poblado El Conejo (San Hilario); el yeso, en Santa Rosalía e isla San Marcos; la sal, en Guerrero Negro; y la magnesita, en las islas Magdalena y Santa Margarita, Punta Eugenia y al noroeste de Santa Rosalía.
Dentro de los minerales metálicos se hayan: los depósitos hidrotermales de oro y plata de la región sur; el cobre en el área de Santa Rosalía y al noreste de la Sierra San José de Castro; así como manganeso en el noroeste del poblado de Mulegé y desde la Punta Concepción hasta el arroyo San Bruno.