Elegir un sitio adecuado para establecer una Misión no era cosa fácil, en cuanto al factor económico dependía de los recursos -diezmos o limosnas- que se recibían por medio del Fondo Piadoso de las Misiones de California. Era necesario buscar un punto estratégico con suficiente agua, buen terreno y cierta facilidad para comunicarse con misiones ya establecidas en la península o en la contracosta.
Cuando los religiosos escogían un sitio, se hacían acompañar de soldados, construían una capilla y cabañas; luego procedían a preparar la tierra para la siembra de maíz y trigo, así como a construir corrales e instalar algún pie de cría.
Al obtener las primeras cosechas evangelizaban a un grupo de naturales y después de bautizarlos los enviaban de nuevo al monte, mismos que regresaban periódicamente, teniendo asegurado el sustento a cambio de trabajo.
Aunque los misioneros estaban muy bien preparados y deseosos de ayudar; algunos nativos no estaban conformes con su presencia y, ocasionalmente robaron ganado, causaron destrozos en las misiones o tomaron venganza contra los indios convertidos.
Con el tiempo la población nativa se extinguió y las comunidades se mantuvieron gracias a la desendencia de familias de soldados y sirvientes traídas por los jesuitas mismos que paulatinamente se integraron en ranchos.