Es una zona de exposición frecuente de ciclones: mismos que causan destrozos en las vías de comunicación. Las precipitaciones van de los 100 mm a los 250 mm anuales. Se cuenta con algunas estructuras para recarga del manto freático como la Presa de la Buena Mujer y la Presa Santa Inés.
El clima es seco desértico, cálido, la temperatura oscila de los 16 grados Celsius en invierno hasta máximas de 47 grados en verano; las lluvias se presentan en otoño, influidas por lluvias torrenciales llamadas chubascos y lluvias esporádicas en invierno. Debido a la cercanía de Todos Santos con el Trópico de Cáncer, allí existe una temperatura más agradable y estable que en el resto del Istmo.
Los servicios, la actividad industrial, turística, el comercio y las dependencias de gobierno, federales y estatales, se concentran en la capital del Estado; en las inmediaciones existen pueblos ganaderos y campos pesqueros. En Punta Prieta se localiza una central eléctrica que suministra energía a gran parte del Estado
Las localidades más pobladas, después de La Paz, son: El Centenario y Todos Santos.
Existen varias poblaciones dedicadas a la agricultura comercial como El Carrizal, Melitón Albáñez, La Matanza, Todos Santos y El Centenario, donde se emplean modernos sistemas de riego y producción.